Marvel’s Avengers jsou založeni především na komiksové sérii, potažmo její ztvárnění v populární kultuře. Nicméně, možná i trochu překvapivě, autoři svůj herní svět staví nezávisle na filmové sérii. Pokud vás teda filmoví Avengeri nenadchli, možná svou reputaci tito hrdinové pro vás napraví zde.
Ve hře bude kladen velký důraz na příběh, z kterého už známe pár úlomků. Děj odstartuje tzv. A-Day, velká oslava Avengerů v San Franciscu, při níž má dojít k otevření jejich nového sídla a také představení Helicarrieru, jejich mateřské lodi. Celá akce se ale katastroficky zvrhne, když na ni zaútočí Taskmaster, a podstatná část města je srovnána zemí.